Segnalato nell’inventario dei beni di Giovan Carlo Doria redatto entro il 1617 e in tutti i successivi inventari della quadreria allestita nel palazzo in vico del Gelsomino, il dipinto passò in seguito al figlio Agostino e nel 1640, dopo la scomparsa di quest’ultimo, al fratello Marcantonio Doria. La tela fu descritta da Carlo Giuseppe Ratti nella quadreria di Marcantonio IV Doria. Successivi passaggi ereditari determinarono il trasferimento del ritratto a Napoli, dove venne esposto nel palazzo dei Doria d’Angri.
Nel marzo 1940 il dipinto fu posto in vendita insieme ad altre opere presenti nella collezione. La domanda di esportazione che la nuova proprietà presentò il 18 giugno 1940 fu negata dal Ministro dell’Educazione Nazionale su parere sfavorevole del Consiglio Nazionale dell’Educazione, ma un anno dopo il dipinto fu ceduto ad Adolf Hitler e destinato al museo di Linz. Il 16 novembre 1948 il ritratto fu restituito all’Italia e destinato a Firenze (Palazzo Vecchio), dove rimase fino al 1985, anno in cui fu riportato a Napoli in deposito presso il museo di Capodimonte. Nel 1988 la tela fu definitivamente assegnata alla Galleria Nazionale della Liguria a Palazzo Spinola.
È possibile definire con precisione la sequenza degli eventi che portarono alla realizzazione del ritratto. La professione a cavaliere dell’Ordine di San Giacomo, datata 28 dicembre 1612, si pone a conclusione di una pratica avviata da una “supplica” che risale al 1603 circa. Filippo III l’8 luglio 1606, informò l’Ordine della volontà di conferire le insegne al nobile, decisione che doveva essere comunicata entro trenta giorni. Si deve quindi supporre che l’annuncio ufficiale dell’investitura abbia spinto Giovan Carlo a commissionare il dipinto, in cui appare già con la croce dell’Ordine, senza attendere di vestire l’abito (1610) e di prestare giuramento (1612). Nel 1606 approfittò della presenza a Genova di Rubens, il quale realizzò nello stesso anno un ritratto del padre Agostino, oggi perduto, e quello della cognata Brigida Spinola.